植民地以前の時代。ヨーロッパ人が到来するはるか以前から、現在のブルキナファソの領域には強大なモシ(Mossi)諸王国が存在していました。なかでも有名なのが、ワガドゥグー(Ouagadougou)、ヤテンガ(Yatenga)、テンコドゴ(Tenkodogo)、ファダ・ヌグルマ(Fada N'Gourma)で、これらはおおむね11〜15世紀ごろに成立しました。これらの国家はヨーロッパ的な意味での旗を用いず、王権はモゴ・ナーバ(Mogho Naaba、モシ皇帝)という制度や、宮廷の威儀具、太鼓、儀礼用の槍などによって表現されました。モシ人の周囲には、グルンシ、ボボ、ロビ、セヌフォ、フラニ、トゥアレグといった諸民族が暮らし、それぞれが独自の政治的シンボルを持っていました。
フランスによる植民地化(1896〜1958年)。1896年、フランス軍はモシの首都ワガドゥグーを攻略し、この地域は次第にフランス領西アフリカに組み込まれていきました。1919年には植民地オートボルタ(Haute-Volta)が設立され、国土を流れる黒ボルタ川、白ボルタ川、赤ボルタ川の三つの川にちなんで命名されました。1932年にこの植民地はいったん解体され、コートジボワール、フランス領スーダン(現在のマリ)、ニジェールに分割されますが、モゴ・ナーバを中心とするモシの首長たちの強い働きかけによって、1947年に再設立されました。この時期を通じて、この地はもっぱらフランス三色旗によって代表されました。
オートボルタ共和国と最初の国旗(1958〜1984年)。1958年12月11日、オートボルタはフランス共同体内の自治共和国となり、1960年8月5日にモーリス・ヤメオゴ(Maurice Yaméogo)大統領のもとで完全な独立を達成しました。1959年に採用された最初の国旗は、黒・白・赤の横三色旗で、これらの色は三つのボルタ川(黒・白・赤)を直接的に表していました。この旗は約25年にわたってオートボルタの空に翻りましたが、それは度重なるクーデターに彩られた激動の時代でもありました。すなわち、ヤメオゴは1966年にサングレ・ラミザナ(Sangoulé Lamizana)によって倒され、ラミザナは1980年にサイエ・ゼルボ(Saye Zerbo)によって、続いて1982年にはジャン=バティスト・ウエドラオゴ(Jean-Baptiste Ouédraogo)によって追放されました。

サンカラ革命と新国旗(1983〜1984年)。1983年8月4日、トーマス・サンカラ大尉に率いられた若手左派将校のグループが権力を掌握し、国民革命評議会(CNR)を樹立しました。当時33歳だったサンカラは、アフリカ史上もっとも急進的な変革プログラムの一つに着手します。すなわち、大規模な予防接種運動、砂漠化に対抗するための大規模植林、女性の権利改革、そして国家像の徹底的な文化的刷新です。1984年8月4日、革命1周年にあたるこの日、国名はオートボルタからブルキナファソへと正式に改称されました。これはモシ語(burkina ―「高潔な、誠実な」)とディウラ語(faso ―「祖国」)を組み合わせた合成語で、「高潔な人々の国」を意味します。同じ日に、従来の黒・白・赤の旗は現行の黄色い星を伴う赤・緑のデザインへと取り替えられ、新たな国歌「ディタニエ(Ditanyè)」(別名「Une seule nuit(ただ一夜)」)も制定されました。
サンカラ以後(1987年〜現在)。トーマス・サンカラは1987年10月15日、戦友であったブレーズ・コンパオレ(Blaise Compaoré)が主導したクーデターによって暗殺され、コンパオレはその後27年間にわたって国を統治することになります。彼は2014年10月の民衆蜂起によってようやく追放されました。この劇的な政治的逆転 ― コンパオレはサンカラの政策の大半を解体しました ― にもかかわらず、国旗、国名、国歌はいずれもそのまま維持され、1984年に制定された象徴がいかに深く国民的アイデンティティに根を下ろしていたかを示しています。2022年以降、ブルキナファソではさらに二度の軍事クーデターが発生し、イブラヒム・トラオレ大尉(Ibrahim Traoré)が政権の座に就きました。彼は公然とサンカラの遺産を継承する姿勢を示しており、1984年制定の国旗は今もなお国家の中心的な視覚的象徴であり続けています。