スーダンの国旗は、同じ幅の3本の横縞(赤、白、黒)で構成され、左端(旗竿付近)から緑色の三角形が伸びている。縦横比は1:2で、横幅が縦幅の半分である。3本のストライプはそれぞれ旗の高さの3分の1。緑色の三角形の底辺は旗の幅と同じで、頂点は左端から旗の長さの3分の1の位置にある。色彩は汎アフリカの標準に沿ったものだが、その配置と三角形が、ヨルダン国旗やイラク国旗のような類似の国旗を持つ国々とスーダンを区別する独自の視覚的アイデンティティを生み出している。
オスマン・トルコによる植民地化が始まる1820年代まで、現代のスーダンの領土は、クシュ、メロエ、ノバティア、マキュリア、アロディア、フジ・スルタン、ダルフール・スルタンなど、さまざまな王国、スルタン、部族で構成されていた。単一の国家が存在しなかったため、近代的な意味での国旗(標準化された国家のシンボル)は存在しなかった。その代わりに、旗、宗教的紋章、色布が権威、宗教、軍事的所属を示すために使われた。考古学的資料や文書資料が不足しているため、公式な情報は限られている。
1820年代初頭、オスマン・トルコのエジプト総督であったムハンマド・アリは、スーダンに散在する部族を征服するために軍隊を南下させた。1824年までにコルドファン、センナール、ナイル渓谷を占領し、トルコ系エジプト人のスーダンが誕生した。これらの土地にはオスマン帝国の赤い旗が翻っていた。中央には白い三日月と五芒星が描かれた赤一色の布である。オスマン軍の軍旗として知られるこの旗は、イスタンブールのスルタンの権力を象徴していたが、スーダン人にとっては、税金と強制労働をもたらす部外者の印だった。1867年、エジプトは部分的な自治権を認められ、ムハンマド・アリは独自の旗を導入した。この旗も赤色だったが、エジプト、ヌビア、スーダンを表す3つの白い三日月と、それぞれ5芒星が描かれていた。この旗はハルツームとドンゴラに掲揚されたが、その意味は地元の伝統とはかけ離れたままであり、カイロの野心だけが反映されていた。
しかし1881年、抵抗の火種が生まれた。ムハンマド・アフマドは自らをマハディと名乗り、トルコとエジプトの圧政に対する革命を起こした。彼の信奉者であるマフディストはエジプト軍を追い出し、神政国家を樹立した。マフディストの旗のデザインは一つではなかったが、最も有名なのはカリフのアブドゥッラー・イブン・ムハンマドがバグダラ部族から兵士を集めるために贈った黒い旗である。黒一色のこの旗は、宗教的な純粋さと信仰への闘いを表し、スーダン人に自分たちの強さを思い起こさせた。他の旗は白地にアラビア語の銘があり、しばしば神やマハディの名が赤や青のストライプで縁取られていた。これらの旗はコルドファンやオムドゥルマンの戦場で振られ、外国人に挑戦する最初の地元のシンボルであった。マフディストがハルツームを征服した1885年までには、オスマン・トルコの赤い旗に代わって黒と白の旗が使われるようになったが、この自由も長くは続かなかった。
1898年、ホレス・キッチナー率いるイギリス・エジプト軍は、オムドゥルマンの戦いでマフディストを破った。1899年1月19日、イギリスとエジプトの共同統治である英エジプト・コンドミニアムが正式に宣言された。スーダンは国旗を失い、2つの外国旗が掲げられた。イギリスのユニオンジャックは、青い布にイングランド、スコットランド、アイルランドの赤と白の十字が描かれたもので、ロンドンの帝国権力を象徴していた。1914年までは赤い布に白い三日月と星が1つ、1914年から1923年までは赤に三日月と星が3つ、1923年以降は緑に白い三日月と星が3つで、エジプト、ヌビア、スーダンを表していた。1900年、スーダン総督は自らの旗であるユニオン・ジャックを受け取り、その中央には「GOVERNOR GENERAL OF THE SUDAN(スーダン総督)」と金色に刻まれた白い円盤が緑の月桂冠で縁取られていた。
1924年、アリ・アブデル・ラティフが率いる白旗連盟が植民地支配に異議を唱えた。赤い文字で「SUDAN」と書かれた白い旗が、ハルツームとオムドゥルマンの街頭に掲揚された。シンプルだが力強いこの旗は、スーダン統一の最初の真のシンボルとなった。イギリスは抗議デモを厳しく弾圧したが、この旗は人々の記憶に永遠に刻み込まれ、闘いを鼓舞した。1953年、スーダンがすでに独立寸前だった頃、1955年4月18~24日にバンドンで開催されたアフロ・アジア会議では、「SUDAN」と書かれた同じ白旗がスーダンを誇らしげに代表していた。
1956年1月1日、スーダンはついに自由となった。ハルツームはイギリスのユニオンジャックとエジプトの緑色の旗に代わり、最初の国旗を掲げた。青、黄、緑の3本の幅の広いストライプが1:2の比率でキャンバスを横切っている。詩人のマキ・スフィがデザインしたこの旗は、スーダンの色とりどりの人々を団結させるために細部まで考え抜かれたものだった。青は、南北を生きた大動脈のようにつなぐナイル川を連想させた。黄色は北部のサハラ砂漠と、その厳しい抱擁の中で生きる人々のたくましさを反映した。緑色は綿花やソルガムが育つ肥沃な土地を表し、繁栄への希望を運んでいる。国旗には宗教的なシンボルや部族的なシンボルがなく、イスラム教徒の北部もキリスト教徒である南部も、多くの部族も、誰も部外者だと感じないように、意図的に中立的なものにされた。1955年12月31日、ムバラク・ザルーグが議長を務める下院の決定により、ハルツームの国会に初めて掲揚された。この旗は1970年まで統一の証として掲げられた。1955年に勃発した北部と南部の内戦は、この旗に影を落とした。南部の多くの人々にとって、国旗は依然としてアラブの影響力を連想させるものだった。
1969年5月25日、ハーファル・ニメイル率いる軍事クーデターがスーダンの運命を変えた。国はスーダン民主共和国となり、新政府はそのイデオロギーであるアラブ民族主義と社会主義を国家のシンボルに反映させようとした。新しい国旗のコンペティションが発表され、1970年5月20日、現在も掲げられている国旗が採用された。芸術家アブデル・ラーマン・アフメド・アル=ジャリによってデザインされた国旗は、赤、白、黒の3本の横縞で構成され、旗竿に近い左端から緑の三角形が伸びている。幅と長さの比率は1:2のままだったが、デザインは1952年のエジプト・アラブ解放旗から着想を得た。その汎アフリカ的な色彩はアラブ人のアイデンティティを強調するが、特に南部の非アラブ系グループには必ずしも響かなかった。第2次内戦(1983〜2005年)の間、スーダン人民解放運動を含む南部の反政府勢力は、国旗を北部支配の象徴として拒否し、独自の旗を使用していた。2005年の包括和平協定調印後、南スーダンは2011年に自治権を得て独立し、黒、赤、緑のストライプ、白抜き、青の三角形、金の星をあしらった独自の国旗を選んだ。一方、スーダン国旗は、オマル・アル=バシルを打倒した2018年から2019年にかけての抗議デモや、2023年に始まった内戦といった激動の時代にも変わらず、ハルツーム上空に掲揚されていた。興味深いことに、2018年から2019年にかけての抗議デモでは、一部のデモ隊が1956年に作られた古い青、黄、緑の国旗を掲げ、それを近代的なデザインの中で失われた中立と団結の象徴と見なした。